종합소득세 3개년 신고내역과 납부세액 조회 시 금액 차이가 발생하는 이유 설명

"19세 이상이면 종합소득세 내역을 3개년치로 조회할 수 있다고 알고 있습니다. 제가 3개년치 환급 예상액을 조회했을 때는 환급받는 것으로 나왔는데, 실제로 종합소득세 신고를 진행하려고 조회해보니 3개년치 조회 결과와 결정세액이 다릅니다.

혹시 3개년치 단순 조회 결과와 실제 종합소득세 신고 시의 결정세액이 달라지는 이유가 무엇일까요? 그리고 최종적으로 신고 후 납부해야 할 세액을 조회했을 때는 오히려 세금을 더 내야 한다고 나오는데, 이 차이가 발생하는 구체적인 원인이 궁금합니다."

– 연말정산과 종합소득세 신고의 차이, 결정세액과 납부세액의 차이를 중심으로 –

 

1. 질문 요약

질문자께서는 홈택스 ‘손택스 앱’을 통해 2024년 귀속 종합소득세 신고를 진행하려던 중,

 

‘3개년 연말정산 신고내역’에서는 환급(차감) 대상처럼 보였는데,

 

정작 종합소득세 정기신고를 하자 납부세액 237,440원이 발생한 상황입니다.

 

두 조회 시스템에서 보이는 세액이 다르고, 일부는 0원이거나 환급처럼 보이는데

왜 실제 종합소득세 신고 결과는 세금을 ‘내야 되는 걸로 나오는지’ 궁금하신 상황입니다.

 

2. 결론부터 말씀드리면

✅ 연말정산 자료(3개년 신고내역)와

✅ 종합소득세 정기신고 시 산출된 결정세액·납부세액은

▶ 조회 목적과 계산 기준이 다르기 때문에 차이가 나는 것이 정상입니다.

 

아래에서 그 이유를 구체적으로 설명드립니다.

 

3. ‘3개년 신고내역’ 화면의 의미

3-1. 화면 해석

첫 번째 첨부하신 화면은 손택스 앱의

[연말정산 3개년 신고내역] → 해당년도 기부명세 or 간편내역 조회입니다.

 

여기서 확인되는 항목은 다음과 같습니다.

 

항목명 의미

총급여 해당 연도의 근로소득(회사 지급 총액)

차감액(예: -251, -291) 회사가 연말정산으로 국세청에 환급받은 예상 금액 또는 정산 결과

 

▶ 즉, 이 화면은 각 사업장(회사)별 연말정산 기준 결정세액만을 보여주는 것입니다.

 

🟡 하지만 이 금액은 ‘해당 회사 근로소득에 한정된 계산 결과’이며,

다른 회사의 소득이나 종합소득세 신고 대상 소득(예: 프리랜서 소득 등)은 포함되지 않은 자료입니다.

 

3-2. ‘결정세액 0원’ 또는 ‘차감액 마이너스’는 환급?

‘결정세액 0원’은 해당 사업장에서 원천징수한 세금이 없거나,

 

총급여가 적고 각종 공제로 인해 납부할 세금이 없어졌음을 의미합니다.

 

반대로 ‘차감액 -291’처럼 나오는 것은 해당 사업장에서 일시적으로 환급금이 있었음을 보여줍니다.

 

그러나 이 정보는 전체 신고 기준이 아닌 해당 사업장별 정산 결과일 뿐,

종합소득세 확정신고 결과와는 다른 개념입니다.

4. ‘종합소득세 정기신고’에서의 세금이 왜 추가로 나왔는가?

4-1. 정기신고는 모든 소득을 합산하여 세금 재산정

홈택스/손택스를 통해 2025년 5월에 신고한 종합소득세는 다음을 종합해 계산됩니다.

 

2024년도에 발생한 모든 소득(근로+기타+사업+이자 등) 합산

 

공제 항목 및 세액공제 항목 반영

 

기존 회사에서 이미 납부한 원천징수세액은 기납부세액으로 차감

 

이 과정을 통해, 최종적으로 정산된 소득세가 237,440원이 된 것이며,

기존에 원천징수한 세금보다 덜 낸 부분이 있었기 때문에 납부세액이 발생한 것입니다.

 

4-2. 실제 부과 세액 확인 화면

세 번째 이미지에서는 아래와 같이 표시됩니다.

 

항목 내용

납부할 세액 237,440원

과세 구분 종합소득세

납부기한 2025-06-02

 

이것은 국세청이 귀하의 전체 소득에 대해 재계산한 결과로, 실제 납부해야 하는 차액입니다.

 

5. 왜 금액 차이가 나는가? 핵심 요약

구분 설명

연말정산 조회 (3개년) 회사 단위로 계산된 ‘부분 소득’의 세액 정산 내역

종합소득세 정기신고 모든 소득을 합산하여 계산한 최종 세액

차이 발생 이유 연말정산은 분리 계산, 종소세는 통합 계산이기 때문에 금액이 달라짐

 

특히 두 곳 이상의 회사에서 근무한 경우, 각각 연말정산을 했어도 국세청은 이를 모두 합산해 정산합니다. 이 경우 누락된 세금이 발생할 수 있고, 따라서 정기신고 시 추가 납부 세액이 생기는 것입니다.

 

6. 종합소득세 정기신고 시 납부세액이 생기는 주요 예시

상황 설명

두 곳 이상에서 근무 각각 연말정산 시 기본공제 중복 또는 누락 발생 가능

중간 퇴사 후 이직 연말정산을 양쪽 회사에서 제대로 안했거나 중복 공제 가능성 있음

추가 소득 발생 프리랜서 수입, 배당, 이자, 기타소득 누락 등 포함되면 추가 세액 발생

카드·월세 공제 누락 본인이 직접 반영 안 하면 자동 계산 불가 → 세액 증가

 

7. 결론 및 조치 요약

3개년 연말정산 화면은 회사별 결과일 뿐, 전체 종합소득세 계산과는 무관합니다.

 

종합소득세 신고 결과(237,440원 납부세액)는 전체 소득을 합산하여 재계산한 최종 결과이며, 이것이 기준이 됩니다.

 

두 화면 간의 세액 차이는 정상적인 현상으로, 별도 오류는 아닙니다.

 

6월 2일까지 반드시 납부해야 하며, 미납 시 가산세가 부과됩니다.