종합소득세와 연말정산의 관계, 그리고 이중 과세 여부에 대한 해설

 

1. 서론: 연말정산과 종합소득세 중복 납부에 대한 의문

최근 5월 종합소득세 신고 기간을 맞이하여, 많은 납세자분들이 과거에 이미 연말정산을 통해 세금을 추가 납부한 상태인데도, 다시 종합소득세 고지서가 발부되면서 “세금을 이중으로 내는 것은 아닌가” 하는 혼란을 겪고 있습니다.

질문자님께서는 2024년 한 해 동안 직장 근로소득이 있었고, 2024년 3월부터는 연금소득도 함께 발생하였습니다. 이후 2025년 2월에 2024년 귀속 연말정산을 통해 120만 원을 추가 납부하였고, 현재 2025년 5월 종합소득세로 다시 120만 원의 세금 고지가 나왔다고 설명하고 계십니다.

 

이에 대해 “이미 연말정산으로 정산을 마쳤는데 왜 다시 종합소득세를 내야 하는가”, “이중과세가 되는 것은 아닌가” 하는 의문이 생기신 것입니다. 이 문제는 연말정산과 종합소득세의 개념 차이, 연금소득의 과세 방식, 그리고 소득종류별 통합 과세 원칙을 정확히 이해해야만 명확히 해소할 수 있습니다.

 

2. 연말정산과 종합소득세 신고의 차이점

2.1 연말정산이란?

연말정산은 근로소득자가 1년간 원천징수된 소득세를 정산하는 절차입니다. 회사는 급여를 지급할 때마다 월급에 소득세를 원천징수합니다. 그리고 다음 해 1~2월경, 1년간 실제 소득과 공제 항목을 최종적으로 정리하여 과부족을 계산하는 것이 연말정산입니다.

 

대상 소득: 근로소득만 해당

 

진행 주체: 회사(원천징수의무자)

 

일반적으로 신고서 제출 없이 회사가 대행

 

2.2 종합소득세 신고란?

종합소득세는 근로소득을 포함한 모든 종류의 소득(사업소득, 연금소득, 이자·배당소득, 기타소득 등)을 통합하여, 매년 5월에 국세청에 자진 신고하고 세금을 납부하는 제도입니다. 근로소득 외 다른 소득이 있을 경우, 이를 합산 과세하게 됩니다.

 

대상 소득: 근로소득 + 연금소득 + 기타소득 등

 

진행 주체: 납세자 본인

 

신고 방식: 홈택스 또는 세무서 방문

3. 질문자의 사례에 대한 분석

3.1 소득 구성

2024년 1월~12월: 직장 근무 → 근로소득 발생

 

2024년 3월~12월: 국민연금 또는 공무원연금 등 → 연금소득 발생

 

3.2 연말정산에서 처리된 항목

질문자님은 2025년 2월, 2024년 귀속 근로소득에 대한 연말정산을 수행하였으며, 그 결과 120만 원의 추가 세액을 납부하셨습니다. 이때 연말정산에서 정리된 항목은 근로소득만 해당됩니다.

 

연금소득은 대부분의 경우 연말정산 대상이 아니며, 다음 해 종합소득세 신고 시에 합산하여 신고해야 합니다. 즉, 연말정산으로는 연금소득이 정산되지 않았습니다.

 

3.3 종합소득세에서 다시 납부가 발생한 이유

종합소득세는 근로소득 + 연금소득의 합산 금액을 기준으로 과세합니다.

 

근로소득에 대한 세금은 이미 납부했기 때문에, 이 부분은 자동 차감됩니다.

 

연금소득으로 인해 종합소득이 증가하고, 누진세율 적용에 따라 추가 세금 120만 원이 더 발생한 것입니다.

 

결론적으로, 연말정산에서 근로소득을 정산하고, 종합소득세에서는 연금소득을 추가로 반영하여 다시 계산된 결과가 현재 고지된 120만 원입니다.

 

4. 이중과세에 해당하지 않는 이유

4.1 과세 대상 소득의 범위가 다름

연말정산: 근로소득만 정산

 

종합소득세: 근로소득 + 연금소득 합산하여 계산

 

4.2 과세금액의 중복 없음

국세청 시스템은 이미 연말정산을 통해 납부한 세액(120만 원)을 자동으로 반영합니다. 즉, 기존 납부세액을 제외한 차액만 부과되므로, 실질적으로 세금을 중복 부과하지 않습니다.

 

4.3 연금소득이 포함됨에 따른 세액 증가

연금소득은 매월 일정액씩 지급되며, 일정 기준 이상(연금소득이 연 1,200만 원 초과)일 경우에는 기타소득이 아닌 종합과세 대상 소득으로 분류됩니다. 따라서 근로소득과 연금소득을 합쳐 종합과세 구간이 상승하게 되며, 누진세율에 따라 추가세가 발생하게 되는 것입니다.

 

5. 향후 절세를 위한 참고사항

5.1 연금소득 분리과세 선택

연금소득이 일정 기준 이하라면(연 1,200만 원 이하), 종합소득에 합산하지 않고 분리과세를 선택할 수 있습니다. 이 경우, 연금소득은 3~5%의 낮은 세율로 별도 과세되므로 세부담을 줄일 수 있습니다.

 

5.2 중도 퇴직 시 연금개시 여부 확인

퇴직 후 곧바로 연금 개시 시기와 세금 처리 시기를 조정할 수 있다면, 근로소득과 연금소득이 겹치지 않게 설계하는 것도 절세의 한 방법이 될 수 있습니다.

 

5.3 세무 전문가의 검토 권장

연금소득, 퇴직소득, 근로소득이 혼재하는 경우에는 세무사와 상담하여 소득별 과세방식 선택(분리 vs 종합)을 전략적으로 결정하는 것이 바람직합니다.

 

6. 결론: 이중 과세는 아니며, 연금소득이 추가되어 종합소득세가 다시 계산된 결과입니다

질문자님의 경우, 연말정산에서는 근로소득에 대한 정산을 완료하셨고, 이번 5월 종합소득세에서는 연금소득이 합산되어 세금이 추가 부과된 것입니다. 이 과정은 이중 과세가 아니라, 소득 유형별로 다른 시점에서 합리적으로 과세되는 방식입니다.

 

납부한 세금은 국세청 시스템에서 자동으로 반영되므로, 이전에 낸 120만 원이 종합소득세에서 다시 과세되는 일은 없습니다. 다만 연금소득이 종합소득에 합산되어 누진세율이 높아져서 추가 세액이 부과된 것이며, 이는 정상적인 세무 처리 절차입니다.